Daugelis žmonių, kurie pirmą kartą keičia rekuperatoriaus filtrus, dažnai nustemba, kad rekuperatoriui reikalingi 2 filtrai – juk reikia filtruoti orą iš lauko, ar ne? Tačiau į rekuperatorių oras patenka ne tik iš lauko, bet ir iš vidaus – patalpų.
Pagrindinė rekuperatoriaus filtrų paskirtis yra šilumokaičio ir kitų jo elementų apsauga nuo užsiteršimo. Todėl abiem srautams reikalingas atskiras filtras. Oro srautui iš patalpų užtenka ir G3-G4 klasės filtrų. Aukštesnės klasės filtrai, tokie kaip F7 ar M5, įprastai statomi ant lauko oro kanalo bei gerina tiekiamo oro kokybę.