Rekuperatoriuose naudojami filtrai, priklausomai nuo jų tipo, gali išvalyti tiekiamą orą ir pasiekti kokybiško ir sveiko oro reikalavimus. Atkreiptinas dėmesys, kad kuo efektyvesnis filtras, tuo didesni jo slėgio nuostoliai, kartu ir elektros išlaidos vėdinimui. Todėl nemaža dalis gamintojų deda standartiškai žemesnio efektyvumo filtus. Taip pat yra rekomenduojama nepersistengti: neapsimoka dėti efektyvių ePM2.5 ar ePM1 filtrų, kai tai nereikalinga.
Jei tiekiamo oro filtras yra Coarse klasės (buv. G3-G4) (SALDA Smarty, Zhender, Wolf, Systemair ir daugelis kitų), tai jo pagrindinė paskirtis apsaugoti jūsų rekuperatorių nuo užsiteršimo. Oras nuo KD10 dalelių valomas mažesniu nei 50% еfektyvumu, t.y. oras bus švaresnis nei lauke, bet kiek, pasakyti sunkiau. KD2.5 dalelių šis filtras nevalo, todėl žiemos metu, užterštose teritorijose geriau keisti jį efektyvesniu.
Jei tiekiamo oro filters yra ePM10 (buv. M5) klasės (dažna opcija Komfovent rekuperatoriusose), tai prie jo nurodomas ir KD10 dalelių filtravimo efektyvumas. Yprastai jis svyruoja tarp 50 ir 70%. Su tokiu filtru net ir labiausiai užterštą dieną, teorinė KD10 dalelių koncentracija tiekiamame ore neviršys rekomenduojamos. Tačiau šis filtras KD2.5 daleles dažnai filtruoja mažu efektyvumu. Vidutiniškai kažkur 5-30 proc. Daugeliu atveju galimai turėsite kokybiškesnį orą savo patalpose, tačiau labiausiai užterštose vietovėse (šalia kelių, jei kaimynai kūrena nekokybišku kietu kuru) rekomenduojami efektyvesni filtrai.
Daugumas gamintojų (Flexit – standartiškai, Systemair, SALDA, Komfovent ir kt. kaip opcija) siūlo ePM2.5 ar ePM1 (buv. F7) klasės filtrus. Jie KD2.5 daleles valo nuo 65% iki 85% efektyvumu. Tokiu atveju net ir užterštą dieną mėgausitės kokybišku oru.
CleanFilter filtrų rinkiniuose esantis ePM1 70% filtras yra vienas efektyviausių tokio tipo filtrų filtruojantis KD2.5 daleles 85% efektyvumu, o pavojingiausias KD1 (jų nematuoja) – 70%. Tokiu atveju šis filtras efektyviai valo net daleles susidarančias smogo metu.